In 1989 presenteerde De Wouters mee het openingsgala van VTM en werd ze een van de twee leading lady's van de eerste commerciële zender in Vlaanderen.

Voor haar presentatiewerk kreeg De Wouters vijf Gouden Ogen, de Belgische publieksprijs. Ze werd bekroond als Beste presentatrice en voor Beste talkshow, een record bij de presentatrices. Zij presenteerde gedurende meer dan twintig jaar veel verschillende talkshows en discussieprogramma’s in Vlaanderen, vaak over maatschappelijke thema's zoals euthanasie, medische missers en echtscheidingen.

Vanaf 2001 was zij ook nu en dan op de Nederlandse televisie te zien. Voor haar tv-programma's interviewde zij zowel onbekende getuigen als de groten der aarde.

Na dertien jaar verliet De Wouters VTM in 2002 en ging ze voor RTL 4 werken, waar ze Trendies presenteerde.

Later maakte ze de overstap naar VT4 en werd ze de leading lady van VIJFtv, waar ze verschillende talkshows presenteerde, onder meer het programma Marlène at Home op Actua-TV.
Tijdens de Tweede nacht van de Vlaamse Televisie Sterren eind maart 2009 openden de Wouters mee de liveshow op VTM, zoals ze dat twintig jaar geleden deed op het openingsgala van VTM.

In 2014 ging ze aan de slag bij de RTBF waar ze 'Libre échange' presenteerde, een programma uitgezonden vanuit het Europese Parlement.

Naast haar televisiewerk modereert De Wouters vaak internationale conferenties en debatten over allerhande thema’s en maatschappelijke onderwerpen.

Met haar even vlekkeloos Frans en Engels als Nederlands presenteerde ze in de periode 2003-2014 de kandidaten tijdens de Koningin Elisabethwedstrijd.

Voor de VRT versloeg ze de huwelijken van prins William en Kate Middleton, prins Albert van Monaco en Charlène Wittstock , van prinses Victoria van Zweden en Daniel Westling en van prins Guillaume van Luxemburg en Stéphanie de Lannoy.

Ster op de dansvloer

In 2007 was De Wouters opnieuw op VTM te zien als een van de deelnemers aan het programma Sterren op de dansvloer. Ze werd de Belgische Jennifer Lopez genoemd na een rumba en een tango. Aanvankelijk danste ze met Wim Gevaert, maar nadat hij afgehaakt was, danste zij verder met Arend Vandevelde. Ze kregen 24 uur om aan elkaar te wennen en eindigden in de wedstrijd als derde.

Mooiste Belgische vrouw

In 2009 werd Marlène de Wouters in een grootschalig onderzoek onder vrouwen vanaf 30 jaar verkozen tot mooiste, meest sensuele en geloofwaardige Belgische vrouw in die leeftijdsgroep. Dat bezorgde haar de hoofdrol in een reeks tv-commercials, die ook in Nieuw Zeeland en Zuid-Afrika werden uitgezonden.